행정해석 사전답변 양도소득세

조특법§99의2 적용 주택을 보유한 1세대가 조합원입주권 양도 시 비과세 여부 외

사건번호 사전-2024-법규재산-0602 [법규과-1864] 선고일 2025.08.18

요 지

(질의1) 거주자가 ｢소득세법｣ 제89조제1항제4호가목을 적용하는 경우 ｢조세특례제한법｣제99조의2제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것입니다.(이하 답변내용 참조)

회 신

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 국내에 1세대가 A주택(거주주택), B주택(임대주택), C주택(조특법 감면주택)을 보유하다가 A주택을 ｢소득세법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35349호로 개정되기 전의 것)｣ 제155조제20항(거주주택 특례)을 적용하여 양도한 후 관리처분계획인가에 따라 B주택이 전환된 B‘조합원입주권을 양도하는 경우로서, (질의1) 거주자가 ｢소득세법｣ 제89조제1항제4호가목을 적용하는 경우 ｢조세특례제한법｣제99조의2제1항을 적용받는 주택(C주택)은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것입니다. (질의2) (질의1)에서 비과세를 적용받는 경우 그 적용 범위는 ｢소득세법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35349호로 개정되기 전의 것)｣ 제155조제20항 후단에 따라 직전거주주택인 A주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것입니다. (질의3) (질의2)와 관련하여 양도소득세가 과세되는 범위에 대한 장기보유특별공제액을 계산할 때 그 보유기간은 ｢소득세법 시행령｣ 제161조제1항 및 제4항에 따라 직전거주주택보유주택에 해당하는 B주택의 취득일부터 직전거주주택(A주택)의 양도일 전까지의 기간으로 계산하는 것입니다.

전 문

’08.5월

’10.10월

’13.12월

’14.2월

’19.2월

’20.2월

’23.2월

’24.7월

A주택

취득(夫)

-------------

양도

B임대주택*→조합원입주권

주택 취득

-------------

주택

임대

-------------

관리처분

계획인가

B‘조합원

입주권

양도

C주택**

(감면주택)

취득

-------------

* 주택임대사업자 등록(5년,’14.2.17.∼’19.2.16.), ’20.10월 자동말소(임대기간 등 요건 준수)

** 조특법§99의2에 따른 감면주택임을 시장·군수·구청장으로부터 확인 받은 주택

○ ’08.5월 A주택 취득(夫) 후 ’20.2월 양도(거주주택 비과세 적용)

○ ’10.10월 B주택*(충주, 비조정대상지역) 취득, ’23.2월 관리처분계획인가되어 B’조합원 입주권으로 전환됨

* B주택은 관리처분계획인가일 현재 1세대1주택 비과세 요건 충족하며 B’조합원입주권은 소득법§89②에 따른 조합원입주권임을 전제함

* B주택은 주택임대사업자 등록(5년,’14.2.17.∼’19.2.16.)하고 ’20.10월 자동말소(임대기간 등 요건 준수)된 경우로서 소득령§167의3①(2)에 따른 주택임을 전제함

○ ’13.12월 C주택* 취득(’16.2월 이후 실거주)

* 조특법§99의2에 따른 감면주택임을 시장·군수·구청장으로부터 확인 받은 주택

○ ’24.7월 B’조합원입주권 양도

2. 질의요지

○거주주택인 A주택, 임대주택인 B주택*, C주택(조특법 감면주택)을 보유하다가 A주택을 양도(거주주택 비과세 적용)한 후, B주택이 재건축되어 전환된 B’조합원입주권을 양도하는 경우로서

* 고가주택이 아님을 전제, 실거주없음

• (질의1) B’조합원입주권 양도시 비과세 여부

• (질의2) (질의1)에서 비과세일 경우 비과세 적용 범위

• (질의3) (질의2)와 관련, B주택이 과세되는 경우 장기보유특별공제의 보유기간은 B주택의 취득일로부터 관리처분계획인가일까지인지

3. 관련 법령

□ 소득세법 제88조 【정의】

9. "조합원입주권”이란 도시 및 주거환경정비법 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.

□ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[도시 및 주거환경정비법 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것

나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

□소득세법 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

□ 소득세법 제95조【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】

① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법｣ 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

[표1]

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 6

4년 이상 5년 미만

100분의 8

5년 이상 6년 미만

100분의 10

6년 이상 7년 미만

100분의 12

7년 이상 8년 미만

100분의 14

8년 이상 9년 미만

100분의 16

9년 이상 10년 미만

100분의 18

10년 이상 11년 미만

100분의 20

11년 이상 12년 미만

100분의 22

12년 이상 13년 미만

100분의 24

13년 이상 14년 미만

100분의 26

14년 이상 15년 미만

100분의 28

15년 이상

100분의 30

[표2]

보유기간

공제율

거주기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 12

2년 이상 3년 미만

(보유기간 3년 이상에 한정함)

100분의 8

3년 이상 4년 미만

100분의 12

4년 이상 5년 미만

100분의 16

4년 이상 5년 미만

100분의 16

5년 이상 6년 미만

100분의 20

5년 이상 6년 미만

100분의 20

6년 이상 7년 미만

100분의 24

6년 이상 7년 미만

100분의 24

7년 이상 8년 미만

100분의 28

7년 이상 8년 미만

100분의 28

8년 이상 9년 미만

100분의 32

8년 이상 9년 미만

100분의 32

9년 이상 10년 미만

100분의 36

9년 이상 10년 미만

100분의 36

10년 이상

100분의 40

10년 이상

100분의 40

③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. (이하 생략)

□ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 생략)

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다.(단서 생략)

⑩ 제1항에 따른 1세대 1주택이 다음 각 호의 요건에 모두 해당하는 경우에는 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1주택을 보유한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 임대주택으로 등록하거나 영유아보육법 제12조 또는 제13조에 따른 어린이집으로 설치ㆍ운영된 사실이 있을 것

2. 해당 주택이 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택보유주택일 것

□ 소득세법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35349호로 개정되기 전의 것) 제155조 【1세대1주택의 특례】

⑳ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택”이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조제1항에 따른 인가를 받거나 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁을 받아 어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, 영유아보육법 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다.

3. 장기어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 고유번호를 부여받고, 장기어린이집을 운영하고 있을 것

□ 소득세법 시행령 제159조의4【장기보유특별공제】

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 각각 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

□ 소득세법 시행령 제161조【직전거주주택보유주택 등에 대한 양도소득금액 등의 계산】

① 제154조제10항에 따른 1세대 1주택 및 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택보유주택(이하 이 조에서 "직전거주주택보유주택등”이라 한다)의 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

법 제95조 제1항에 따른 양도소득금액

직전거주주택의 양도 당시 직전거주주택보유주택등의 기준시가

직전거주주택보유주택등의 취득 당시의 기준시가

직전거주주택보유주택등의 양도 당시의 기준시가

직전거주주택보유주택등의 취득 당시의 기준시가

② 제1항에도 불구하고 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분에 따른 고가주택인 경우 해당 직전거주주택보유주택등의 양도소득금액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 합산한 금액으로 한다.

1. 직전거주주택 양도일 이전 보유기간분 양도소득금액

법 제95조 제1항에 따른 양도소득금액

직전거주주택의 양도 당시 직전거주주택보유주택등의 기준시가

직전거주주택보유주택등의 취득 당시의 기준시가

직전거주주택보유주택등의 양도 당시의 기준시가

직전거주주택보유주택등의 취득 당시의 기준시가

2. 직전거주주택 양도일 이후 보유기간분 양도소득금액

법 제95조 제1항에 따른 양도소득금액

직전거주주택보유주택등의 양도 당시의 기준시가

직전거주주택의 양도 당시 직전거주주택보유주택등의 기준시가

직전거주주택보유주택등의 양도 당시의 기준시가

직전거주주택보유주택등의 취득 당시의 기준시가

양도가액-12억원

양도가액

③ 제1항 및 제2항에 따라 계산한 직전거주주택보유주택등의 양도소득금액이 법 제95조제1항에 따른 양도소득금액을 초과하는 경우에는 각각 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.

④ 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조 제2항 표1을 적용하고, 제2항제2호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조제2항 표2를 적용한다.

□ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액+납부한 청산금)-법 제97조 제1항제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 “관리처분계획등인가후양도차익”이라 한다) + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액)-법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비)](이하 “관리처분계획등인가전양도차익”이라 한다)

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

가. [양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항제2호 및 제3호에 따른 필요경비]

나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

□ 조세특례제한법 제99조의2【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 주택법 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다. <개정 2016.1.19>

② 소득세법 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. <개정 2014.1.1.>

④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다. <개정 2014.1.1>

원본 출처 (국세법령정보시스템)